В Государственном геологическом музее им. В.И. Вернадского хранятся палеонтологические и минералогические коллекции, как собранные Н.П. Вишняковым, так и приобретенные им у других коллекционеров и в минералогических конторах. Это, прежде всего, коллекции аммонитов, белемнитов, брахиопод, двустворчатых и брюхоногих моллюсков из классических разрезов юрских отложений Москвы и ее окрестностей.